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As manifestações mais comuns são a dor ou desconforto abdominal, associada a diarreia, obstipação ou ambas. Como regra, a dor ou desconforto abdominal devem estar associados a dois dos três seguintes sintomas: começarem com movimentos intestinais que ocorrem mais ou menos frequentemente do que o habitual; começarem com a presença de fezes menos consistentes e mais aquosas ou, pelo contrário, fezes mais duras do que o habitual; e melhorarem com a evacuação.

A síndrome do cólon irritável pode também causar diarreia três ou mais vezes por dia, com uma sensação de urgência; obstipação com três ou menos evacuações por semana; sensação de evacuação incompleta; presença de muco nas fezes e flatulência (eliminação de gases).

Os sintomas podem manifestar-se após uma refeição e devem ocorrer pelo menos três vezes por mês. A dor abdominal é frequentemente desencadeada pela ingestão de alimentos e alivia após a defecação ou emissão de gases. A dor localiza-se, geralmente, na parte inferior do abdómen. Pode ocorrer também distensão e sensação de gás abdominal.

Os doentes apresentam, geralmente, vários destes sintomas durante longos períodos de tempo. E que podem associar-se a outras manifestações do aparelho digestivo, como digestão difícil, bem como de outros órgãos (urinário, genital, músculo-esquelético). Os sintomas são agravados pelo stress e ansiedade. Geralmente, não se verifica a presença de sangue nas fezes, emagrecimento ou febre.

O modo de apresentação da doença varia desde um pequeno nódulo indolor até uma grande massa inflamatória dolorosa. Quando está infetado, assume o aspeto de um abcesso com dor, vermelhidão, drenagem espontânea de sangue e pus com um odor fétido através da pele.

Os primeiros sintomas surgem na adolescência ou no início da idade adulta sob a forma de uma inflamação na região do sacro, com sensação de desconforto, sobretudo quando se permanece muito tempo na posição sentada. Com a evolução, torna-se evidente um nódulo que, geralmente, varia de um a cinco centímetros, de consistência mole e que pode apresentar sinais inflamatórios, como dor, calor e vermelhidão.

Muito raramente, um quisto pilonidal crónico e infetado, se não for tratado de um modo adequado, pode evoluir para um carcinoma da pele.

Não sentir cheiros pode ser causado por obstruções nasais provocadas por infecções ou irritações no nariz como sinusites, rinites ou alergias crônicas.

Sentir enjoo durante a menstruação é normal, embora não seja muito comum. Os enjoos e os vômitos no período menstrual estão relacionados com a variação hormonal que ocorre nesse período.