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Por vezes, os sintomas são precedidos por queixas de uma constipação ou gastrenterite. Quando a encefalite não é muito grave, os indícios são semelhantes aos de outras doenças: febre não muito elevada, cefaleias moderadas, fadiga e perda de apetite. Pode ainda ocorrer confusão, desequilíbrio, desorientação, irritabilidade, sensibilidade à luz, rigidez da nuca e do pescoço, e vómitos.

No recém-nascido e nas crianças pode ser mais difícil reconhecer o quadro clínico, que tende a se caracterizar por rigidez do corpo, irritabilidade, choro frequente (que aumenta quando se pega no bebé ao colo), má alimentação, fontanelas mais salientes, e vómitos.

Deve-se encarar a encefalite como uma emergência quando ocorre perda de consciência, ausência de resposta a estímulos ou coma, fraqueza muscular ou paralisia, convulsões, cefaleias fortes e alteração súbita no estado mental (indiferença, perda de memória, perda de capacidade de julgamento).

O prognóstico é variável. Alguns casos resolvem-se rapidamente e sem sequelas. Contudo, a encefalite pode ser grave, causando problemas permanentes ou mesmo morte.

A fase aguda normalmente dura uma a duas semanas, desaparecendo depois a febre e os restantes sintomas de um modo gradual. Algumas pessoas podem demorar meses a recuperar por completo.

Quando ocorre lesão cerebral, pode afetar a audição, a memória, o controlo muscular, a sensibilidade, a fala ou a visão.

Nalgumas circunstâncias (por exemplo após um traumatismo, cirurgia, infeção, doenças neurológicas, tumores, ou em cerca de 50% dos casos sem uma causa identificável) o nervo facial é afetado e é perdida a capacidade de movimentar os músculos de uma das metades da face.

Em muitos casos, sobretudo quando a paralisia é secundária a uma infeção viral, a função dos músculos pode ser recuperada gradualmente. O músculo responsável pelo encerramento das pálpebras (músculo orbicular) ao ficar paralisado condiciona o desenvolvimento de lagoftalmos, a incapacidade de encerrar totalmente o olho.

A exposição permanente da superfície ocular aumenta o risco de úlceras e eventuais infeções que podem condicionar de forma permanente a visão.

A polimialgia reumática é uma doença reumática inflamatória relativamente comum e afeta maioritariamente pessoas com mais de 50 anos de idade. Contudo, é a partir dos 70 anos que os sintomas se começam a manifestar. Esta doença afeta mais as mulheres do que os homens e é mais frequente em pessoas caucasianas.

A anemia, sobretudo a ferropriva, é um problema de saúde muito comum tanto entre as crianças como em adultos, ocorrendo também com muita frequência durante a gravidez. Anemia significa redução da concentração de hemoglobina nos eritrócitos, que são as células vermelhas do sangue.