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Na grande maioria dos casos manifesta-se no pulmão, uma vez que o contacto inicial do bacilo com o organismo é feito por via inalatória. No entanto podem ser atingidos outros órgãos, como os gânglios, meninges, pericárdio, ossos, rins, pele ou intestinos. Estas formas de tuberculose não são, em regra, contagiantes.

Esta doença tem habitualmente uma apresentação clínica discreta, evoluindo sem que o paciente se aperceba ao longo de dias, semanas ou mesmo meses. As queixas mais comuns são cansaço, falta de apetite, emagrecimento, suores noturnos e febres baixas (37,5ºC) ao final do dia.

Podem existir outras manifestações em função dos órgãos envolvidos. No caso da tuberculose pulmonar, a mais comum, é a tosse, seca ou com expetoração, podendo conter sangue.

Os sintomas são mais graves, mais difíceis de diagnosticar e de tratar nos doentes com menores defesas imunitárias.

A siderose resulta da inalação do óxido de ferro; a baritose, da inalação de sulfato de bário e a estanose, da inalação de partículas de óxido de estanho.

A Orbitopatia Tiroideia, ou Orbitopatia de Graves, manifesta-se no contexto de uma doença auto-imune que se desenvolve contra a glândula tiroideia (habitualmente associada a um estado de hipertiroidismo), mas também contra os tecidos em redor do olho, sobretudo músculos e gordura. Na maioria dos casos as manifestações são leves e melhoram espontaneamente ao longo de vários meses. Nalguns doentes, contudo, as manifestações podem ser graves, com risco de perda irreversível da visão.

O tabagismo está diretamente relacionado à gravidade da doença, sendo fundamental a sua cessação. A evolução da doença é bifásica, e após um período inflamatório inicial (que pode durar entre alguns meses até 2 anos), a doença entra numa fase de estabilidade, onde podem permanecer sequelas como exoftalmia (olho salientes), retração de pálpebras (que conferem uma expressão de espanto), estrabismo (desvio do globo ocular da sua posição normal) ou bolsas de gordura nas pálpebras superiores e/ou inferiores. Após estabilização da função tiroideia e resolução da inflamação estas alterações podem ser corrigidas cirurgicamente.

Coloração amarelada ou alaranjada da mucosa bucal, muitas vezes proveniente da perda de sangue.