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A endocardite ocorre, de um modo geral, quando uma bactéria ou um microrganismo proveniente de outro local do organismo (como a cavidade oral) se espalha pela corrente sanguínea e adere a áreas lesadas do endocárdio. Se não for tratada, pode danificar ou destruir as válvulas do coração e causar complicações potencialmente fatais.

A lesão característica de endocardite é um coágulo infetado formado por plaquetas e fibrina e que contém outras células. Este  pode localizar-se em qualquer sítio do endotélio, mas frequentemente ocorre nas superfícies das válvulas cardíacas e das próteses valvulares, no caso de doentes operados.

A endocardite é rara em corações normais e, por isso, as pessoas em risco são aquelas que apresentam válvulas do coração já doentes, artificiais (após cirurgia) ou outros tipos de anomalias cardíacas.

Apesar da gravidade da endocardite infeciosa (a sua mortalidade intra-hospitalar varia entre 10% e 26%), a doença é rara, com uma incidência de três a 10 episódios por 100 mil doentes, anualmente.